De acordo com a Resolução CSDP nº 229/2022, de 23 de junho de 2022, que regulamenta a Esdep e aprova seu Regimento Interno, a Escola Superior da DPE-TO possui a seguinte estrutura organizacional:
a) Conselho Acadêmico da Esdep: formado por membras(os) e servidoras(es) da DPE-TO, este é o órgão máximo de função normativa, consultiva, deliberativa e disciplinar em matéria de ensino, pesquisa, extensão e instância final de recurso nestas e demais matérias pedagógicas da Esdep.
É da competência do Conselho Acadêmico fixar as diretrizes pedagógicas, atos e resoluções de atuação da Esdep. Também cabe ao órgão aprovar o planejamento anual e plurianual de cursos, congressos, seminários, simpósios, estudos, pesquisas, publicações e atividades diversas; a criação, a transformação e a extinção de cursos, bem como de grupos de pesquisa e estudos, por voto da maioria de seus membros; e, ainda, projetos de regulamentos de Pós-Graduação, cursos e demais eventos promovidos pela Escola Superior.
Além disto, é atribuição do Conselho deliberar e estabelecer o calendário anual de eventos da Esdep; apreciar e aprovar o relatório anual da Direção da Escola Superior; e, por fim, opinar sobre questões institucionais da Escola submetidos à sua apreciação.
Atualmente, compõem o Conselho Acadêmico da Esdep:
. Presidente: Elydia Leda Barros Monteiro, defensora pública e diretora-geral da Esdep;
. Vice-Presidente: Danilo Frasseto Michelini, 2º Subdefensor Público-Geral do Tocantins;
. Membra: Kenia Martins Pimenta Fernandes, defensora pública;
. Servidores: Rômulo Dias de Araújo, Diretor de Gestão de Pessoas e Folha de Pagamento; e Renan de Oliveira Freitas, analista jurídico.
b) Órgãos Estruturantes:
. Diretoria-geral;
. Coordenação de curso;
. Equipe pedagógica, composta pela Gerência de Ensino e Capacitação, além da Gerência de Pesquisa;
. Secretaria, composta por um secretário acadêmico;
. Biblioteca, composta por um profissional biblioteconomista;
. Órgão de apoio, composto por um profissional do Direito e outro de Libras.